README

由萨斯喀彻温大学脉冲作物生物信息学团队开发。

注意：此包将替换以下Tripal v3模块：原始表型，分析表型。

为性状页面创建特定属的Tripal内容类型，以提供有关特定性状的所有信息的着陆页面。这些类型特定于属，以确保所有汇总的数据都相关，并尊重性状在属之间在表达和特定定义上的变化。
支持使用特定属的本体，以确保充分捕获每个性状，并将这些特定属的术语映射到领域和系统特定本体，以实现比较和数据共享。
专注于性状 - 方法 - 单位公式来描述表型数据。
- 这支持将特定性状的所有数据（例如，植物高度）收集到单个页面中，同时仍然完全描述方法和单位，以便进行准确的分析。
- 对于植物高度性状，您可以在同一页面上查看多个实验的数据、测量方法（例如，最高冠层点、地块中平均冠层高度、基于NDVI的无人机捕获高度）和单位，但它们不会在实验、方法或单位之间合并。
收集原始表型数据/测量的临时存储空间，默认情况下是私有的，可以与个人账户共享。由于这些数据是原始的、未发表的结果，因此它们保存在生物数据的主要模式之外。有简单的方法可以按季节备份数据、验证和导入。

引用

如果您在Tripal网站上使用此模块，请在描述您的Tripal网站的任何地方引用我们的工作，请使用此引用。例如，如果您在期刊上发布您的网站，则此引用应位于参考文献部分，并且在上文讨论此模块提供的任何功能的地方都应引用它。

Lacey-Anne Sanderson 和 Reynold Tan (2023)。TripalCultivate Phenotypes：为Tripal提供大规模性状和表型数据集成。开发版本。萨斯喀彻温大学，脉搏作物研究组，萨斯卡通，SK，加拿大。

使用composer，通过在您的Drupal网站根目录中运行以下命令将此包添加到您的Drupal网站

composer require tripalcultivate/phenotypes

这将下载模块目录中最新的版本。您可以在Drupal文档中查看更多信息。

然后您可以使用Drush或Drupal网站的扩展页面来安装它。

drush en trpcultivate_phenotypes

请参阅以下自动测试部分中的特定版本兼容性。

此包致力于高标准的自动测试。我们使用PHPUnit进行测试，使用CodeClimate确保良好的测试覆盖率和可维护性。有关我们特定可维护性问题和技术覆盖率的更多详细信息，请参阅我们的CodeClimate项目页面。

以下兼容性是通过自动测试工作流程证明的。