README

由萨斯喀彻温大学脉冲作物生物信息学团队开发。

注意：此软件包将替换以下Tripal v3模块： nd_genotypes，genotypes_loader，tripal_qtl，vcf_filter。

提供对遗传图谱、标记、序列变异和QTL的导入和可视化支持
支持大规模基因型数据集，同时具备以下优势
- 关系数据库的强大功能，紧密集成种质、表型数据和多种数据类型的工具
- 通过变体调用格式（VCF）进行扁平文件存储和查询的速度/便捷性
基因型矩阵工具，用于快速查询较小区域（例如QTL或GWAS峰值）中种质之间的基因型差异
管理VCF文件的元数据，包括一个表单，供研究人员过滤和以多种格式下载结果。

引用

如果您在Tripal网站上使用此模块，请使用此引用在描述您的Tripal网站结果的地方引用我们的工作。例如，如果您在期刊上发表您的网站，则此引用应包含在参考文献部分，并且在上文中讨论此模块提供的任何功能的地方也应引用它。

Lacey-Anne Sanderson 和 Carolyn Caron（2023）。TripalCultivate Genetics：为Tripal提供大规模遗传和基因型数据集成。开发版本。萨斯喀彻温大学，萨斯卡通，SK，加拿大。

使用composer，通过在您的Drupal网站根目录中执行以下命令将此软件包添加到您的Drupal网站：

composer require tripalcultivate/genetics

这将下载模块目录中的最新版本。您可以在Drupal文档中查看更多信息。

然后您可以使用Drush或您的Drupal网站上的扩展页面进行安装。

drush en trpcultivate_genetics

请参阅下面的自动测试部分中的具体版本兼容性。

此软件包致力于高标准的自动测试。我们使用PHPUnit进行测试，并使用CodeClimate确保良好的测试覆盖率和可维护性。有关我们的特定可维护性问题以及测试覆盖率的更多详细信息，请参阅我们的CodeClimate项目页面。

以下兼容性是通过自动测试工作流程证明的。