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Genes 组件是 Nooku Framework 的一个可重用组件。这是一个示例！

通过安装此组件，您可以轻松地重用其类提供的功能，在自己的组件中使用。

安装

您可以使用 Composer 安装此扩展。将以下要求添加到您的 Joomla 应用程序的根目录中的 composer.json 文件中

{
    "require": {        
        "stevenrombauts/genes-component": "dev-master"
    },
    "minimum-stability": "dev"
}

运行 composer install 以处理下载和安装包。

示例

基因实体

让您的实体继承 ComGenesModelEntityGene 类将自动添加将 DNA 序列转换为蛋白质序列的支持。或者直接调用它

$sequence = <<<EOL
> A sequence
ATGCAGACTGACGATTCTTGGAAACATAATGTGTCGTTTTATACA
AATTTGGACTACACCGATAAGGATACCAAAATCAGTGCAGTTTAA
EOL;

$data = array(
     'identifier' => 'C02H7.2',
     'title'      => 'npr-19',
     'sequence'   => $sequence
);

$entity = KOBjectManager::getInstance()->getObject('com://stevenrombauts/genes.model.entity.gene', array('data' => $data));

echo $entity->protein;

Fasta 过滤器

您可以使用 FASTA 过滤器来验证和清洗表示核苷酸序列或肽序列的字符串。

示例

$filter = KObjectManager::getInstance()->getObject('com://stevenrombauts/genes.filter.fasta');

$sequence = <<<EOL
> LCBO - Prolactin precursor - Bovine
; a sample sequence in FASTA format
MDSKGSSQKGSRLLLLLVVSNLLLCQGVVSTPVCPN
EMFNEFDQVIPGAKETEPYPVWSGLPSLQTKDED
ARYSAFYNLLHCLRRDSSKIDTYLKLLNCRIIYNNNC*
EOL;

// This one should be valid:
echo ($filter->validate($sequence) === true ? "Valid sequence" : "Invalid sequence");

// Sanitizing will remove all characters that don't belong (line-breaks, comments, etc ..):
echo $filter->sanitize($sequence);

stevenrombauts / genes-component

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