README

一个简单的PHP服务器，可以将biom版本2（hdf5）文件和数据转换为biom版本1（json），反之亦然。它简单地为官方Python biom格式工具的转换功能提供了一个网页和API接口。此项目不是官方biom项目的一部分。

请引用我们发表在f1000 Research上的文章，该文章描述了此模块

Markus J. Ankenbrand, Niklas Terhoeven, Sonja Hohlfeld, Frank Förster, and Alexander Keller.
biojs-io-biom, a BioJS component for handling data in Biological Observation Matrix (BIOM) format[version 2; referees: 1 approved, 2 approved with reservations].
F1000Research 2017, 5:2348. doi: 10.12688/f1000research.9618.2

您可以使用Zenodo引用此软件仓库的当前版本，使用以下链接：

除了此项目外，还请引用原始biom项目，如下所示

The Biological Observation Matrix (BIOM) format or: how I learned to stop worrying and love the ome-ome.
Daniel McDonald, Jose C. Clemente, Justin Kuczynski, Jai Ram Rideout, Jesse Stombaugh, Doug Wendel, Andreas Wilke, Susan Huse, John Hufnagle, Folker Meyer, Rob Knight, and J. Gregory Caporaso.
GigaScience 2012, 1:7. doi:10.1186/2047-217X-1-7

服务器的一个公开实例运行在 https://biomcs.iimog.org

• 引用项目 和
• 许可证
• 构建状态
• 测试覆盖率
• 代码气候
• Docker

入门

要在本地主机端口8080上运行自己的转换服务器，请使用以下命令执行docker容器

docker pull iimog/biom-conversion-server
# Use any other port by exchanging 8080 with your desired port number
docker run -d --publish 8080:80 --name biomcs iimog/biom-conversion-server

现在您可以在浏览器中访问您的转换服务器，网址为 https://:8080/。您可以将使用转换API作为webservice的工具指向 https://:8080/convert.php（例如，biojs-io-biom）。

更改

1.0.6 (2018-10-04)

• 更新docker容器中的node版本
• 更新所需的bootstrap版本（CVE-2018-14041）

1.0.5 (2018-03-27)

• 将biom-format更新到版本2.1.6

1.0.4 (2017-07-28)

• 从bower切换到yarn
• 更新依赖项
• biojs-io-biom更新到版本1.0.9

1.0.3 (2017-03-29)

• biojs-io-biom更新到版本1.0.7

1.0.2 (2016-12-22)

• 修复docker镜像

1.0.1 (2016-12-22)

• biojs-io-biom更新到版本1.0.6

1.0.0 (2016-09-07)

• biojs-io-biom更新到版本1.0.1

0.4.0 (2016-09-06)

• 在错误消息中添加详细信息

0.3.0 (2016-07-29)

• 使用biojs-io-biom进行UI
• 将UI添加到起始页面（文件上传/下载）
• 增加php服务器限制

0.2.0 (2016-07-25)

• 返回的内容是base64编码的字符串
• 要求内容作为base64编码的字符串
• 处理作为json传递的post数据
• 设置正确的内容类型头
• 允许CORS请求

0.1.0 (2016-07-08)

• 转换为json
• 转换为hdf5
• docker容器
• 集成测试