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简介

您可以在应用网站（包含文档和项目信息）上阅读：[http://www.amelayes-biophp.net](http://www.amelayes-biophp.net)。

这里是我的 BioPHP 版本：[http://biophp.org](http://biophp.org)。它至少需要 PHP 7.2，以及任何可以在 PHP 7.2 上运行的框架，例如 Symfony 4。

原始的遗留代码已包含在内，许可证仍为 GPL2。

它非常容易使用

该应用程序通过 REST API 连接到生物学数据，API 地址为：[http://api.amelayes-biophp.net](http://api.amelayes-biophp.net)。如果您想使用自己的 API，它必须实现我的 schema API（请参考代码文档），然后您可以尽情享受！

BioTools（amelaye/biotools）包目前正在开发中，请耐心等待，您将很快能够获得更多功能！在此期间，您可以使用自己的应用程序。

内容

BioPHP 是一个 Symfony 4 扩展。创建自己的 PHP 应用程序并运行

$ composer require amelaye/biophp

如果您想使用预定义的数据模式，请在以下命令后运行

$ bin/console doctrine:schema:create

然后它将创建表结构。

使用 Symfony 4 应用程序

您可以在以下位置找到一些关于 Symfony 4 应用程序的示例：[http://demo.amelayes-biophp.net](http://demo.amelayes-biophp.net)

使用您自己的代码（独立版）

如果您有独立版本，您可以使用它（在安装 composer 并创建 composer.json 文件后）

<?php
require_once 'vendor/autoload.php';

use Amelaye\BioPHP\Domain\Sequence\Service\SequenceManager;
use Doctrine\Common\Annotations\AnnotationRegistry;
AnnotationRegistry::registerLoader('class_exists');

$client = new GuzzleHttp\Client([
    'base_uri' => 'http://api.amelayes-biophp.net'
]);
$serializer = JMS\Serializer\SerializerBuilder::create()
    ->build();

$aminoApiManager  = new \Amelaye\BioPHP\Api\AminoApi($client, $serializer);
$nucleotidManager = new \Amelaye\BioPHP\Api\NucleotidApi($client, $serializer);
$elementManager   = new \Amelaye\BioPHP\Api\ElementApi($client, $serializer);
$sequenceManager  = new SequenceManager($aminoApiManager, $nucleotidManager, $elementManager);

$aMirrors = $sequenceManager->findMirror("AGGGAATTAAGTAAATGGTAGTGG", 6, 8, 'E');

echo "<pre>";
var_dump($aMirrors);
echo "<pre>";
?>

重要

此版本是 Alpha 版本。这意味着它可能非常不稳定，系统中的修改也可能进行。请经常阅读文档，我将尽可能定期更新它：）